UMR - Interactions Plantes Microorganismes Environnement

pour la réalisation de leurs expérimentations les équipes de l'unité s'appuient sur plusieurs dispositifs

Plateforme expérimentale Genetrop

Les unités de recherche IPME et DIADE partagent et gèrent en commun la plateforme expérimentale Genetrop qui consiste en:

• 500 m²de laboratoires

  © L. Gagnevin laboratoire de biologie moléculaire

  • biologie moléculaire
  • CIV / transformation végétale
  • histologie
  • HPLC
  • radioactivité
• 1000 m²de serres

  © L. Gagnevin serre S2

  • serres S1
  • serres S2
  • laboratoire NS2 agréé pour la manipulation des organismes de quarantaine

C'est également Genetrop qui assure l'animation scientifique commune des deux unités (séminaires, PhDays, etc.)

Ressources bioinformatiques (plateau bioinformatique IRD i-trop et plateforme South Green)

Les activités bioinformatiques de l'unité IPME s'articulent principalement autour:

• Développement d'outils et d'applications web pour l'analyse des génomes de plantes (Riz, Café, Manioc)
• Développement de procédures pour la recherche d'effecteurs de pathogènes (TAL effector...) et de leur cibles
• Analyse de données NGS
  • RNASeq et analyse d'expression différentielle en conditions d'infection
  • analyse de SNPs et recherche de marqueurs associés à la résistance
  • analyse de variants génétiques dans des populations virales...
• Développement de wrappers et de workflows Galaxy
• Formation bioinformatique auprès des partenaires du Sud

En terme de ressources de stockage et de calcul, l'unité s'appuie essentiellement sur le  plateau bioinformatique IRD i-trop, mutualisé entre 4 unités (IPME, DIADE, Mivegec, TransVIH-Mi).

Par ailleurs, l'unité participe activement aux activités de la  plateforme South Green. South Green est une plateforme de bioinformatique (IFB Grand Sud et axe IFB plante) qui fédère les collectifs de bioinformatique et génomique végétale situés principalement sur le campus Agropolis de Montpellier. Elle regroupe une trentaine de bioinformaticiens appartenant à différents instituts (CIRAD, IRD, Bioversity, INRA et SupAgro). Cette plateforme qui peut aussi être assimilée à un réseau, à vocation nationale et internationale, développe des ressources et des applications de bioinformatique dédiées à la génétique et génomique des plantes tropicales et méditerranéennes.

Parmi les développements d'applications en cours, on peut notamment citer:

• Coffee Genome Hub, portail génomique du Caféier
• Cassava Genome Hub, portail génomique du Manioc
• Talvez, outil pour la recherche de cibles d'effecteurs TAL
• SNiPlay, application web pour l'analyse de variants génétiques
• Galaxy, instance Galaxy IRD pour l'analyse de séquences

Contact: Alexis Dereeper , Ingénieur IRD en bioinformatique

Laboratoires mixtes internationaux

Les Laboratoires Mixtes Internationaux sont des instruments de la recherche en partenariat co-construits avec les partenaires de l’IRD au Nord et au Sud. Un LMI est une structure opérationnelle de recherche et de formation, implantée physiquement dans les locaux de partenaire(s) du Sud et dédiée à la réalisation de projets conjoints de recherche, de formation et d’innovation à partir d’une plateforme scientifique commune (laboratoires, équipements, moyens informatiques et documentaires, etc.). Émanant d’une ou de plusieurs unités sous tutelle IRD, un LMI a vocation à avoir un rayonnement régional et international et peut, le cas échéant, accueillir des chercheurs et des enseignants-chercheurs du Sud et du Nord, autres que ceux appartenant aux institutions partenaires du LMI.

LMI PathoBios

Le Laboratoire Mixte International (LMI) Patho-Bios "Observatoire des Agents Phytopathogènes en Afrique de l’Ouest" est implanté au Burkina Faso avec deux sites de l’INERA : à Ouagadougou (Kamboinsé) et à Bobo-Dioulasso. Il est associé avec les Universités de Ouagadougou, de Bobo Dioulasso, et de Dedougou. Il a aussi une vocation régionale avec les organismes de recherche nationaux de la sous-région (Université de Lomé au Togo, CNRA et Universités Cocody et Abobo-Adjamé en Côte d’Ivoire, l’Université de Bamako (FAST) Mali, l’IER Mali, AfricaRice Center Bénin, Sénégal et Tanzanie, le CSIR-CRI au Ghana et ITRAD au Tchad). De plus, il est associé à deux LMI localisés au Sénégal : LAPSE pour la formation en phytopathologie et biosécurité et IESOL pour la partie sols et nématodes. Il est devenu récemment partenaire du réseau PARRAF Protection des Végétaux (ProVeg) qui regroupe des équipes de l’IRD, du CIRAD et 6 pays de l’Afrique de l’Ouest.

L’objectif du projet est de mettre en place un observatoire des agents phytopathogènes en Afrique de l’Ouest en développant dans un premier temps, sur le riz, l’expertise et les outils nécessaires aux domaines de la virologie, bactériologie, nématologie et de renforcer la formation du personnel à la caractérisation et l’étude de la diversité des agents pathogènes, et la biosurveillance des agents pathogènes en relation avec les changements globaux notamment climatiques :

• phytopathologie,
• épidémiologie moléculaire,
• résistance et contournements,
• bioinformatique

LMI Rice

Rice (Rice Functional Genomic and Plant Biotechnology ) est un laboratoire mixte international (LMI) qui regroupe depuis 2011 l’IRD, l’Institut de Génétique Agronomique du Vietnam, l’Académie des Sciences Agricoles du Vietnam, l’Université des Sciences et techniques d’Hanoi ainsi que l’Université Montpellier. Ce pays est le second exportateur de riz au monde. Le riz est un élément primordial pour l’alimentation du pays mais également de l’ensemble de la région. Or, cette production est menacée par le réchauffement climatique qui entraine par endroit une sécheresse ou une montée du niveau de la mer, et par l’émergence de nouveaux virus qui provoquent d’importantes pertes de rendement.

Les objectifs scientifiques du LMI Rice sont donc, au travers des recherches fondamentales et appliquées, de développer des variétés de riz capables de produire davantage en condition de stress. Ce laboratoire mixte international a également pour objectif de devenir une plateforme ouverte en biotechnologie et génomique fonctionnelle végétale et de participer à la formation des étudiants vietnamiens de niveau master et doctorat.

Labex Agro

Le Labex Agro « Agronomie et Développement Durable » (Agropolis Fondation / Montpellier, France) est centré sur les plantes d'intérêt agronomique. Il rassemble une trentaine d'unités de recherche et plus de 1200 scientifiques constituant un continuum de compétences pluridisciplinaires (sciences biologiques, sciences de l'ingénieur, sciences humaines et sociales) allant de l'étude des gènes jusqu'à l'utilisation finale des plantes, et bénéficiant d'une expertise reconnue sur un grand nombre d'espèces végétales tempérées, méditerranéennes et tropicales.

Site Agropolis Fondation

Dispositifs prioritaires

CIBA (Consortium International en Biologie Avancée au Brésil)

L’objectif principal du Consortium CIBA, signé entre Agropolis International et l’Embrapa, est la réalisation de recherches en génétique végétale en vue de la création de variétés améliorées pour l’agriculture tropicale et méditerranéenne. Le CIBA vise à renforcer et pérenniser une stratégie de coopération scientifique et technique internationale, mettant en commun les moyenS, capacités, connaissances et savoir-faire nécessaires pour étudier et exploiter la diversité des ressources génétiques végétales, et pour identifier les gènes et les caractères d’intérêt agronomiques essentiels, en particulier pour la tolérance aux stress hydriques et la résistance aux parasites.

Site du CIBA