Nos tutelles
Ressources bioinformatiques (plateau bioinformatique IRD i-trop et plateforme South Green)
Les activités bioinformatiques de l'unité IPME s'articulent principalement autour:
- Développement d'outils et d'applications web pour l'analyse des génomes de plantes (Riz, Café, Manioc)
- Développement de procédures pour la recherche d'effecteurs de pathogènes (TAL effector...) et de leur cibles
- Analyse de données NGS
- RNASeq et analyse d'expression différentielle en conditions d'infection
- analyse de SNPs et recherche de marqueurs associés à la résistance
- analyse de variants génétiques dans des populations virales...
- Développement de wrappers et de workflows Galaxy
- Formation bioinformatique auprès des partenaires du Sud
En terme de ressources de stockage et de calcul, l'unité s'appuie essentiellement sur le plateau bioinformatique IRD i-trop, mutualisé entre 4 unités (IPME, DIADE, Mivegec, TransVIH-Mi).
Par ailleurs, l'unité participe activement aux activités de la plateforme South Green. South Green est une plateforme de bioinformatique (IFB Grand Sud et axe IFB plante) qui fédère les collectifs de bioinformatique et génomique végétale situés principalement sur le campus Agropolis de Montpellier. Elle regroupe une trentaine de bioinformaticiens appartenant à différents instituts (CIRAD, IRD, Bioversity, INRA et SupAgro). Cette plateforme qui peut aussi être assimilée à un réseau, à vocation nationale et internationale, développe des ressources et des applications de bioinformatique dédiées à la génétique et génomique des plantes tropicales et méditerranéennes.
Parmi les développements d'applications en cours, on peut notamment citer:
- Coffee Genome Hub, portail génomique du Caféier
- Cassava Genome Hub, portail génomique du Manioc
- Talvez, outil pour la recherche de cibles d'effecteurs TAL
- SNiPlay, application web pour l'analyse de variants génétiques
- Galaxy, instance Galaxy IRD pour l'analyse de séquences
Contact: Alexis Dereeper , Ingénieur IRD en bioinformatique
