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Nos tutelles

   

Nématologie Fonctionnelle et Evolutive

Objectifs

L’équipe Nefonev (Nématologie fonctionnelle et évolutive) s’intéresse à la diversité et structure des populations de nématodes phytoparasites (PPN). Nos projets de recherche sont conduits dans les milieux tropicaux et subtropicaux et s’appuient sur l’étude des interactions plante-nématode. Notre implantation principale est à Montpellier et nous sommes aussi présents au Vietnam (LMI RICE2), à La Réunion (CIRAD 3P) et en Martinique (CAEC).

Plus de 4100 espèces de PPN ont été identifiées à ce jour. Parmi celles-ci, les nématodes à galles du genre Meloidogyne font partie des ravageurs les plus dommageables pour l’agriculture (riz, café, etc…). L’interaction riz/M.graminicolaa été choisie comme modèle biologique prioritaire d’étude, avec le but de rechercher des solutions pour contrôler l’infestation des rizières en raison de sa large distribution et des importantes baisses de rendement (15 à 20%) qu’elle provoque dans la plupart des agrosystèmes rizicoles d’Asie. Cependant, nos projets intègrent aussi d’autres espèces de nématode à galles qui attaquent significativement le riz (M. incognita, M. javanica, M. oryzae et M. salasi) et les caféiers (M. exigua, M. incognita et M. javanica).

Nos activités ont pour objectifs d’offrir des moyens de luttes intégrées contre les nématodes. Nous associons les composantes Génotype x environnement x pratiques culturales pour identifier et combiner des moyens de lutes durables : (i) nous recherchons des gènes de résistances des plantes aux nématodes ; (ii) nous étudions la dynamique des nématodes dans des agrosystèmes différents ; (iii) nous étudions le microbiome racinaire associés au riz pouvant jouer un rôle régulateur dans le parasitisme.

En parallèle, nous décrivons la diversité des espèces de Meloidogyne au niveau moléculaire, morphométrique et dans leur virulence/agressivité. Une collection des isolats travaillés dans l’équipe est entretenue à Montpellier. Le séquençage complet de plusieurs espèces et populations nous a permis de développer des marqueurs (SNP, SSR) pour identifier les espèces et étudier leur structure génétique. Nous étudions la variabilité morphologique entre populations et la diversité allélique des effecteurs de nématode..

Programmes de Recherche

Etude de la dynamique des nématodes phytoparasites en relation avec les pratiques culturales du riz

Ce projet a débuté par une étude descriptive des nématodes phytoparasites infectant le riz en Asie du sud-est (Laos, Cambodge, Vietnam). La présence quasi exclusive de M. graminicola et de son impact croissant suite aux changements récents de pratiques culturales en Asie nous ont amené à étudier différents agroécosystèmes afin de voir si des luttes intégrés sont envisageables. Un intérêt particulier est porté à l’agriculture de conservation.

Impact des vers de terre sur la nématofaune du sol dans différents usages des terres au Nord Vietnam

Les sols sont incontestablement les habitats continentaux avec la biodiversité la plus grande et la plus méconnue. Parmi les organismes du sol, les nématodes se distinguent du reste de la faune par la diversité de leurs rôles sur le fonctionnement des écosystèmes. Décomposeurs secondaires (bactérivores, fongivores, omnivores), ils sont déterminants pour les flux de nutriments ; phytoparasites, ils limitent les rendements agraires et menacent directement la sécurité alimentaire ; prédateurs d’autres nématodes, ils sont eux-mêmes des acteurs de la lutte biologique contre les nématodes phytoparasites. L’objet de cette étude est de voir en quoi les vers de terres modifient les propriétés du sol et les communautés de nématodes.

Etude du microbiome racinaire du riz en relation avec les propriétés nématifuge, nématostatique et nematicide

Ce projet a pour objectif de caractériser les communautés microbiennes associées aux racines du riz dans des agrosystemes differents (culture intensive de delta au Vietnam et culture de conservation dans les bas-fonds au Cambodge). Ce projet a pour objectif la sélection de bactéries cultivables pour le développement de biostimulants et d'agents de biocontrôle des nématodes phytoparasites du riz

Recherche de gènes de résistance aux nématodes

Le criblage d’un ensemble d’accessions de riz, incluant les espèces asiatiques (Oryza sativa) et africaines (O. glaberrima), est effectué pour identifier des variétés résistantes. L’analyse histologique et moléculaire de la résistance du riz aux nématodes à galles d’origine asiatique, africaine et sud-américaine est en cours, de même que le clonage positionnel des gènes de résistance.

Principaux partenaires

Centres Internationaux
Europe
  • James Hutton Institute, UK
  • Université de Leuven, Belgique
  • UMR5174 - Laboratoire Evolution et Diversite Biologique, Université Toulouse III Paul Sabatier, France
  • CIRAD - UPR Aïda, France
Asie

Membres du réseau SUNRISE:

UR-AIDA (Cambodge), RUA (Cambodge), IRRI (Philippine), CIAT (Vietnam), IRD-iEES, LMI-RICE2, LMI LUSES, Indonesian Center for Rice Research (Indonesia), Chiang Mai University (Thailand), ITC (Cambodge), VAAST (Vietnam), Department of Agriculture - Ministry of Agriculture and Irrigation (Myanmar), VHUA (Vietnam), MOAF (Laos), Nong Lam University (Vietnam).

Afrique

  • Laboratoire Mixte International PATHOBIOS (Ouagadougou, Burkina-Faso)
  • UMR PVBMT PVBMT (Ile de La Réunion)
  • University of Sciences, Arts and Techniques of Natitingou, (Natitingou, Benin)
  • FOFIFA (Mahajanga, Madagascar)