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Menace sur le riz africain
Des recherches sur le virus de la panachure jaune, la principale maladie du riz en Afrique, révèlent l'existence d'une souche potentiellement redoutable. Celle-ci peut contourner les stratégies qui visent à rendre la céréale résistante et pourrait ainsi menacer la production de certaines régions.
La science se fait parfois le messager de mauvaises nouvelles… Ainsi, les résultats d’une étude sur la panachure jaune du riz, récemment publiés1, pourraient alarmer sur les moyens de lutte contre cette maladie affectant la riziculture africaine. « Nous avons découvert qu’une souche du virus est susceptible de contourner toutes les stratégies d’amélioration variétale visant à prévenir ce fléau », explique la phytovirologue Eugénie Hébrard, co-auteure de ce travail.
La plupart des pays rizicoles d’Afrique
Découverte dès les années 60, la panachure jaune est la principale maladie virale affectant le riz en Afrique. La plupart des pays rizicoles, dans toutes les régions du continent, sont touchés. Elle peut causer des pertes de rendement plus ou moins importantes, selon les années, les conditions environnementales et les techniques de culture. Le tribut payé à ce pathogène, quand il est présent, va de quelques percentiles à la production complète dans les cas extrêmes. La lutte contre le virus de la panachure jaune est donc un enjeu majeur pour la sécurité alimentaire.
« Cette maladie n’est pas transmise par la graine, mais principalement par contact, explique la chercheuse. Ainsi, les pratiques culturales, et notamment le repiquage des plantules montées en pépinière, contribuent à la propagation du virus ». En système irrigué ou de bas-fonds, les agriculteurs préfèrent en effet la transplantation au semis direct. Lors de ces opérations, des tiges contaminées peuvent se trouver en contact avec d’autres et les infecter via de micro-blessures liées à la manipulation, disséminant ainsi la maladie dans les cultures. De même, des insectes – surtout des coléoptères - peuvent transmettre le pathogène de proche en proche, à courte distance.
© IRD / N. Poulicard Utilisant le repiquage de plans poussés en pépinières, la riziculture irriguée africaine est particulièrement sensible au virus de la panachure jaune.
Améliorer pour résister
« Pour éviter la maladie, actuellement la seule solution est l’amélioration variétale, indique la spécialiste. Il s’agit de faire des croisements génétiques entre des variétés résistantes au virus, mais souvent à faible rendement, et des variétés à haut rendement, elles plutôt sensibles ». C’est la condition pour obtenir une production sûre et abondante. Dans le choix des variétés à croiser, les améliorateurs doivent tenir compte à la fois des qualités agronomiques en fonction des systèmes de cultures, des préférences alimentaires propres à chaque population et des souches de virus sévissant dans la région. Car le pathogène connait une grande diversité génétique selon les zones géographiques. Certaines souches du virus sont présentes seulement en Afrique de l’Ouest, d’autres en Afrique de l’Est…
« Nous avons évalué la résistance des variétés en tenant compte de la grande diversité du pathogène, indique la scientifique. Et nous nous sommes aperçu que certaines souches de virus sont capables de contourner les résistances de variétés pourtant considérées comme telles ». L’une de ces souches, présente en Afrique de l’Ouest et centrale, parvient même à contourner l’ensemble des résistances connues.
Éclairer les améliorateurs
Ce résultat pour le moins alarmant a été obtenu en laboratoire, dans des conditions optimales pour le virus - avec une concentration virale importante, une inoculation manuelle, sur des plantules jeunes... Il n’est pas encore avéré au champ, où les contacts entre plantes infectées sont moins systématiques. L’usage de techniques de séquençage nouvelle génération, une première pour ce virus, a permis de détecter les mutations favorables au contournement des résistances dès leur apparition. Les scientifiques ont ainsi élaboré une carte de la distribution géographique du risque de contournement des résistances, pour aider les améliorateurs dans leurs stratégies de déploiement de variétés résistantes. « Pour appuyer la durabilité de ses stratégies, un suivi de la circulation des souches - accélérée par l’intensification rizicole en Afrique - est en cours », conclut Eugénie Hébrard.
Notes
1. Hébrard E, Pinel-Galzi A, Oludare A, Poulicard N, Aribi J, Fabre S, Issaka S, Mariac C, Dereeper A, Albar L, Silué D, Fargette D. Identification of a hypervirulent pathotype of Rice yellow mottle virus: A threat to genetic resistance deployment in West-Central Africa. Phytopathology. 2017.
Co-infections du riz par deux agents pathogènes majeurs en Afrique de l’Ouest.
La publication récente dans Frontiers in Plant Science présente les résultats obtenus sur les interactions entre le virus de la panachure jaune du riz (Rice yellow mottle virus , RYMV) et la bactérie Xanthomonas oryzae pv. oryzicola (Xoc) dans le cas d'une co-infection du riz.
Ces travaux de recherche ont permis d’estimer les niveaux d’infections simultanées dans les rizières du Burkina Faso, de mettre en évidence une interaction réciproque entre les deux agents pathogènes en contexte de co-infection, de proposer des mécanismes d’interactions intra-plante qui impliqueraient des petits ARN (RNA silencing).
Ce travail pluridisciplinaire, financé par le Labex Agropolis, implique trois équipes au sein d'IPME ( IPPS, EAVIR et GTIPP) et les partenaires de l'INERA (Burkina Faso) dans le cadre du LMI Patho-Bios.
Le lien vers l'article est le suivant:
http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fpls.2017.00645/full
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